Południowo-wschodnią część Ogrodu obejmuje fragment doliny rzeki Czechówki, gdzie znajdują się dwa stawy o powierzchni 0,8 ha i 0,5 ha i średniej głębokości 1,1 m. W zbiornikach tych oraz w ich otoczeniu na podmokłym podłożu stworzono siedliska dla roślin wodnych i wilgociolubnych. Rosną tam rodzime gatunki roślin tj. bobrek trójlistkowy (Menyanthes trifoiata), brzoza niska (Betula humilis), czermień błotna (Calla palustris), grążel żółty (Nuphar lutea), grzybienie białe (Nymphaea alba), języczka syberyjska (Ligularia sibirica), knieć błotna (Caltha palustris), kosaciec syberyjski (Iris sibirica), k. żółty (I. pseudacorus), kotewka orzech wodny (Trapa natans), kropidło wodne (Oenanthe aquatica), łączeń baldaszkowaty (Butomus umbellatus), marek szerokolistny (Sium latifolium), mlecz błotny (Sonchus palustris) nasięźrzał pospolity (Ophioglossum vulgatum), oczeret jeziorny (Schoenoplectus lacustris), ostrożeń siwy (Cirsium canum), porzeczka czarna (Ribes nigrum), tatarak zwyczajny (Acorus calamus), wełnianka szerokolistna (Eriophorum latifolium), wielosił błękitny (Polemonium caeruleum), wierzba borówkolistna (Salix myrtilloides), w. lapońska (S. lapponum) i woskownica europejska (Myrica gale). W większym stawie zwanym widokowym oraz wzdłuż jego brzegu zgromadzono rośliny ozdobne tj. cypryśnik błotny (Taxodium distichum), grzybienie w odmianach ‘Marliacea Rosea’ i ‘Attraction’.
Kuratorzy działu: mgr inż. Maria Zawadzka (1995-2000), dr Agnieszka Dąbrowska (od 2000 r.)
