O archeologii, a właściwie prehistorii w Uniwersytecie Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie zaczęto mówić pod koniec pierwszego roku akademickiego nowej uczelni. Już w sprawozdaniu z posiedzenia Rady Wydziału Przyrodniczego z dnia 20 czerwca 1945 roku pojawia się kwestia konieczności powołania Katedry Prehistorii, która miała uczestniczyć w realizacji programu sekcji antropologii. W październiku 1945 roku zapadła decyzja o zaproszeniu na katedrę dr. Stefana Noska [dotychczas kustosz Muzeum Archeologicznego Polskiej Akademii Umiejętności w Krakowie] w charakterze zastępcy profesora. Wkrótce dokonano również przydziału lokali dla jednostek Wydziału, przy czym w gmachu przy Al. Racławickich 21 lokal po mieszkaniu sekretarza głównego Uniwersytetu p. Dowjata – Zakładowi Prehistorii. Wspomnienia najstarszych pracowników nieco różnią się od urzędowego zapisu – wskazują pomieszczenia w baraku obok KUL przy al. Racławickich jako pierwotną siedzibę – zajmowane przez Polskie Towarzystwo Ludoznawcze, które przygarnęło dwie katedry UMCS - Etnografii i Prehistorii.
Przygotowany „Wykaz Zakładów i pomocniczych sił naukowych na rok akademicki 1945/46. Stan na dzień 1 I 1946 r.” wymienia: Zakład Prehistorii - kier. Dr Stefan Nosek - Głowackiego 2 oraz Władysław Kulpiński rysownik II gr.
Katedra (i Zakład) Prehistorii wraz z Katedrą Antropologii oraz Etnografii i Etnologii tworzyły od roku akademickiego 1945/46 sekcję nauk antropologicznych na Wydziale Przyrodniczym UMCS. Dziennik Urzędowy Ministerstwa Oświaty nr 5 z 5 lipca 1946 r. pod poz. 128 wymienia rozporządzenie Ministra Oświaty z 15 kwietnia 1946 r. w sprawie utworzenia katedr na Uniwersyetcie Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie. Pod numerem 20 wymieniona jest katedra prehistorii, a końcowy paragraf komunikatu stwierdza, że rozporządzenie wchodzi w życie z dniem ogłoszenia z mocą obowiązującą od dnia 25 października 1944 r.
Pierwszym pracownikiem Zakładu był Władysław Kulpiński zatrudniony w charakterze rysownika. Na pierwszego asystenta Katedry powołano w dniu 1 kwietnia 1946 roku – wtedy jeszcze studenta Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego – Jana Kowalczyka, który wkrótce uzyskał stopień magistra (KUL 1948), a doktorat przeprowadził już na Wydziale Matematyczno-Przyrodniczym UMCS w 1951 roku. Losy pierwszej asystentury w latach 1946-1948 miały oficjalnie nieco inny przebieg. W okresie od 1 września 1946 roku zgodnie z formalnym mianowaniem funkcję asystenta Katedry Prehistorii pełniła mgr Olga Gajkowa, zaś Jan Kowalczyk był asystentem Katedry Etnografii i Etnologii; natomiast już przydziały ich obowiązków dotyczyły „macierzystych” katedr. Protokół z 6 października 1948 roku odnotowuje powołanie Henryka Zwolakiewicza do Zakładu Prehistorii jako asystenta-wolontariusza do ćwiczeń z rysunku. Od grudnia 1948 roku Katedra zajmowała pomieszczenia w budynku przy ulicy Skłodowskiej 2. Z początku był to nieduży pokój na czwartym piętrze przeznaczony pierwotnie na pracownię fotograficzną Wydziału, ale do realizacji przedsięwzięcia nie doszło wskutek rezygnacji prof. Józefa Gajka zarówno z prowadzenia, jak i tym samym organizacji pracowni. Wkrótce lokal Katedry powiększono o trzy pokoje na trzecim piętrze.
W pierwszym dla lubelskiej uniwersyteckiej archeologii roku akademickim 1945/1946 na sekcję nauk antropologicznych zapisało się 8 (9?) osób. Słuchaczami kursu prehistorii byli m.in. Leszek Gajewski, Jerzy Grocholski, Zygmunt Ślusarski, Jerzy Falicki i Jan Gurba. W czerwcu 1951 roku pierwszym absolwentem otrzymującym magisterium z prehistorii został Leszek Gajewski, a po nim kolejno Jan Gurba i Zygmunt Ślusarski. Pierwsze doktoraty nauk przyrodniczych w UMCS uzyskało dwóch uznanych już archeologów – Andrzej Żaki w czerwcu 1949, a w 1951 roku wspominany już J. Kowalczyk. W 1949 roku dyskutowano na posiedzeniu rady wydziału projekt organizacji studium trzyletniego m.in. z prehistorii, ale już w 1950 roku UMCS utracił prawo naboru do studiowania w zakresie tej dyscypliny.
Początek 1952 roku przyniósł organizacyjne zmiany w UMCS. Z dniem 1 stycznia Wydział Matematyczno-Przyrodniczy został podzielony na Wydział Matematyczno-Fizyczno-Chemiczny oraz Wydział Biologii i Nauk o Ziemi, na którym skupiono dziedziny humanistyczne – tu działała także Katedra (i Zakład) Prehistorii. Na mocy zarządzenia Ministra Szkolnictwa Wyższego z 12 sierpnia 1952 roku od października rozpoczyna działalność nowy wydział UMCS – Humanistyczny – na który przeniesiono z WBiNoZ i WMFCh jednostki prowadzące nauki humanistyczne, w tym Katedrę Prehistorii z jednoczesnym przemianowaniem na Katedrę Archeologii Polski. Doc. Stefan Nosek faktycznie zorganizował nowy wydział i wygłosił wykład „Zagadnienie Grodów Czerwieńskich na tle badań nad milenium Polski” inaugurujący rok akademicki 1952/1953. Katedra nadal zajmowała pomieszczenia przy ulicy Skłodowskiej 2, ale wkrótce nastąpiły przenosiny na Plac Litewski 5, gdzie zlokalizowano także dziekanat nowego wydziału i katedry historyczne [pierwotny adres: Plac Stalina 3].
Dr Jan Kowalczyk w 1951 roku zmuszony był odejść z UMCS; ponownie został zatrudniony w 1953 roku i objął kierownictwo Katedry po profesorze Stefanie Nosku. We wrześniu 1952 roku pracę w Katedrze jako asystent podjął mgr Jan Gurba. W 1955 roku zwolniony został dr Jan Kowalczyk. Kuratorami Katedry na cztery lata zostali kolejno prof. Eugeniusz Konik i prof. Henryk Zins. Z początkiem 1959 roku na kierownika Katedry Archeologii Polski powołano doc. dr. Aleksandra Gardawskiego, dotychczas pracownika Państwowego Muzeum Archeologicznego w Warszawie. Zostało utworzone studium archeologiczne i przez kilka lat prowadzony był nabór na studia. W 1961 roku Katedra otrzymała odrębne pomieszczenie przy ul. Pstrowskiego 12 [obecnie Peowiaków], by w 1963 roku przenieść się do nowo wybudowanego gmachu Kolegium Humanistycznego w Dzielnicy Uniwersyteckiej przy ul. Nowotki 10 [od lat 70-tych – ul. Nowotki 14; obecnie Plac Marii Curie-Skłodowskiej 4] jako Katedra Archeologii Polski i Powszechnej.
W 1967 roku wygasa w UMCS możliwość kształcenia studentów w zakresie nauki o pradziejach i do 1974 roku Katedra – poza prowadzeniem prac badawczych – brała udział w dydaktyce studentów historii. Rok akademicki 1970/1971 przyniósł kolejne zmiany organizacyjne. W ramach nowo utworzonego Instytutu Historii zorganizowano Zakład Historii Starożytnej i Archeologii, którego kierownikiem został prof. Aleksander Gardawski. Zakład został rozdzielony w 1974 roku, dzięki czemu powstał samodzielny Zakład Archeologii (Polski) w Instytucie Historii. W tym samy jeszcze roku, po śmierci prof. Gardawskiego, kierownikiem Zakładu, od 1983 roku Katedry Archeologii zostaje – na ponad 20 lat – doc. dr Jan Gurba. W październiku 1974 roku reaktywowany został własny kierunek studiów. Początkowo zajęcia dydaktyczne prowadzono w oparciu o specjalistów z Warszawy i Łodzi w ramach realizacji trójporozumienia Uniwersytet Warszawski – Uniwersytet Łódzki – Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej. Po jego wygaśnięciu – dzięki umowie o współpracy zawartej między Rektorem UMCS i Dyrektorem Instytutu Historii Kultury Materialnej w Warszawie – na wiele lat związali się z Lublinem naukowcy z IHKM PAN.
W 1994 roku kierownikiem Katedry został prof. dr hab. Jerzy Kmieciński, wcześniej wieloletni pracownik i kierownik Katedry Archeologii UŁ, związany z UMCS od 1976 roku. Czasowo przy Katedrze, z braku odrębnej jednostki na uczelni, istniała pracownia etnograficzna zatrudniająca dwóch specjalistów – doktorów Krystynę Marczak i Janusza Kamockiego, którzy przez wiele lat prowadzili nieformalną drugą specjalizację naszych studentów – etnografię. Przez szereg lat z Katedrą związana była działalność archeologicznej służby konserwatorskiej, a funkcję okręgowych konserwatorów zabytków archeologicznych pełnili między innymi jej pracownicy. Od 1974 roku przy Katedrze działał, na mocy porozumienia Rektora UMCS z wojewodami lubelskim, bialskopodlaskim, chełmski i zamojskim, Archeologiczny Ośrodek Badawczo-Konserwatorski, kierowany społecznie przez kierownika Katedry.
W 1998 roku kierownikiem Katedry – a po powołaniu Instytutu jego dyrektorem – został prof. dr hab. Andrzej Kokowski. W 2003 roku zarządzeniem Rektora UMCS przeprowadzono procedurę utworzenia Instytutu Archeologii z pięcioma zakładami: Zakład Epok Kamienia, Zakład Epok Brązu i Wczesnego Żelaza, Zakład Archeologii Środkowo- i Wschodnioeuropejskiego Barbaricum, Zakład Archeologii Wczesnośredniowiecznej oraz Zakład Nauk Wspierających Archeologię [w latach 2012-2014 jako Pracownia Antropologiczna].
Od 2014 roku dyrektorem Instytutu Archeologii jest dr hab. Piotr Łuczkiewicz. Instytut tworzą cztery zakłady: Zakład Epok Kamienia, Zakład Epok Brązu i Wczesnego Żelaza, Zakład Archeologii Środkowo- i Wschodnioeuropejskiego Barbaricum oraz Zakład Archeologii Wczesnośredniowiecznej. Zasadniczy kierunek działalności badawczej pracowników Instytutu to archeologia pradziejowa i wczesnośredniowieczna ze szczególnym ukierunkowaniem na obszary Europy wschodniej, europejskiego Barbaricum i wschodnie terytoria pozaeuropejskie. Równolegle prowadzone są prace z zakresu metodologii archeologii, antropologii, ochrony dziedzictwa kulturowego, promocji i popularyzacji archeologii. Od 2006 roku w jednostce zatrudnieni zostają na stałe naukowcy z zagranicznych ośrodków akademickich. Archeologia była pierwszym kierunkiem UMCS, który podjął kształcenie w systemie bolońskim. Aktywność naukowa i dydaktyczna zwiększa się systematycznie dzięki utrzymywaniu stałej współpracy z krajowymi i zagranicznymi ośrodkami naukowymi, wśród tych ostatnich głównie niemieckimi i ukraińskimi, ale także czeskimi, węgierskimi czy duńskimi. Realizowane są wspólne projekty badawcze, konferencje, przygotowywane wydawnictwa i wystawy, a dla programu Erasmus pozyskiwani są nowi partnerzy. Ciekawe propozycje wykładów, warsztatów i popularyzacji archeologii wśród młodzieży oferuje Koło Naukowe Studentów Archeologii. Systematycznie czynione są starania o poszerzanie zdolności wydawniczych. Działalność Instytutu odbywa się w oparciu o własną fachową Bibliotekę i sprawną obsługę administracyjno-merytoryczną w Sekretariacie Instytutu.
