Urodził się 14 sierpnia 1934 roku we Lwowie. W r. 1957 ukończył filologię polską na UMCS. Od 1961 został zatrudniony w Katedrze Filozofii UMCS, kierowanej przez prof. dra Narcyza Łubnickiego kolejno na stanowisku asystenta (1961-1962), starszego asystenta (1962-1966) i adiunkta (1966-1970). Rozprawę doktorską pt. Społeczne i polityczne treści doktryn religijnych Platona obronił w 1965, uzyskując tytuł doktora nauk humanistycznych w zakresie historii filozofii.
W latach 1970-1973 był zatrudniony w Akademii Medycznej. Habilitował się w r. 1972 na podstawie pracy Filozoficzny rodowód marksistowskiej teorii religii. Od r. 1974 został zatrudniony na etacie docenta w Międzyuczelnianym Instytucie Filozofii i Socjologii UMCS. Jednocześnie pełnił funkcję wicedyrektora MIFiS w latach1974-1981, a także kierownika Zakładu Historii Filozofii. Był współorganizatorem I Ogólnopolskiego Zjazdu Filozoficznego w Lublinie (1977). W 1977 przebywał na stażu w uczelniach stanu Massachussets w USA, zaś w 1988 jako Visiting Professor prowadził wykłady w State University of Minneapolis i St. Paul oraz odczyty w innych uczelniach stanu Minnesota.
Był dyrektorem MIFiS przez dwie kolejne kadencje w latach 1981-1987. 28 X 1983 uchwałą Rady Państwa uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego nauk humanistycznych. 1 XI 1983 decyzją Ministra Nauki, Szkolnictwa Wyższego i Techniki został mianowany na stanowisko profesora w UMCS.
Od 1987 został powołany na kierownika Resortowego Programu Badań Podstawowych Ministerstwa Edukacji Narodowej (RPBP III 22) pt. Wartości i wartościowania w strukturze filozofii, w poznaniu naukowym i w praktyce społecznej. W 1990 został mu przyznany jeden z pierwszych grantów MEN pt. Teoretyczne i aksjologiczne podstawy współczesnych filozofii historii.
W latach 1985-1990 prowadził wykłady w Filii Warszawskiej Akademii Wychowania Fizycznego w Białej Podlaskiej. Od r. 1987 pełnił obowiązki kierownika Zakładu Historii Filozofii Nowożytnej i Współczesnej, w latach 1990 – 2004 był kierownikiem Zakładu Historii Filozofii Nowożytnej, a także (od 1997) kuratorem Zakładu Filozofii Współczesnej.
27 IX 1990 r. otrzymał stanowisko profesora nadzwyczajnego mianowanego na stałe. Decyzją Ministra Edukacji Narodowej z 6 VIII 1993 został mianowany na stanowisko profesora zwyczajnego na UMCS. W latach 1996-2002 pełnił obowiązki Dziekana Wydziału Filozofii i Socjologii. Od 1997 r. wykładał także w Instytucie Filozofii w Wyższej Szkole Pedagogicznej w Rzeszowie.
Brał aktywny udział w pracach senatu, m. in. w Senackiej Komisji Organizacji i Rozwoju UMCS, Senackiej Komisji d/s. Rozwoju Kadry Naukowej Uniwersytetu, Senackiej Komisji Kontrolno-Rewizyjnej, Senackiej Komisji d/s. Wydawnictw, Senackiej Komisji d/s. Badań Naukowych, Rektorskiej Komisji d/s. Racjonalizacji Struktury Uniwersytetu (od 1987). Został członkiem Rady Centrum Dokumentacji Europejskiej UMCS (30 III 2001-31 VIII 2002).
Otrzymał nagrody Rektora (1977, 1979, 1981, 1985, 1986, 1987, 1989, 1990, 1992, 1997, 1998, 1999), Nagrody Ministra III stopnia (1968 za pracę Religia i społeczeństwo w poglądach Platona; 1973 za pracę habilitacyjną pt. Filozoficzny rodowód marksistowskiej teorii religii); 1976 – Nagrodę Ministra II stopnia za pracę dydaktyczno-wychowawczą; 1982 – Nagrodę Ministra II stopnia za książkę Przyszłość i historia. Był odznaczony Złotym Krzyżem Zasługi (1974), Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski V klasy (1977), Medalem Komisji Edukacji Narodowej (1977). Otrzymał Odznaczenie Państwowe V klasy (1979), Medal 40-lecia Polski Ludowej (1984), tytuł honorowy "Zasłużony Nauczyciel Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej" (1988).
Był inicjatorem i redaktorem serii "Człowiek i świat człowieka" oraz serii "Wartości", członkiem kolegium redakcyjnego "Humanitas" 1979-1982, członkiem redakcji "Studiów Filozoficznych", uczestniczył w pracach redakcyjnych "Dialectics and Humanism". Od listopada 2002 był redaktorem "Annales UMCS", sectio I, Philosophia-Sociologia.
Był współorganizatorem i sekretarzem IV Zjazdu Filozofii Polskiej w Lublinie (1987). Pełnił funkcję członka, a następnie wiceprzewodniczącego Komitetu Nauk Filozoficznych PAN, członka Zespołu Dydaktycznego Nauk Społecznych przy Ministrze Edukacji Narodowej.
Opublikował wiele monografii, rozpraw, artykułów, antologii tekstów, recenzji, not słownikowych i haseł encyklopedycznych. Najważniejsze publikacje:
Monografie autorskie: Religia i społeczeństwo w poglądach Platona. Warszawa 1968: Filozoficzny rodowód marksistowskiej teorii religii. Warszawa 1971 (przekład węgierski: A merxista valláselmélet genezise, tł. D. Pfeifer, Budapest 1975); Przyszłość i historia. Studia nad historyzmem i ideą prospekcji dziejowej w historii filozofii. Lublin 1981; Wartości i historia. Studia nad refleksją filozoficzną o ludzkim świecie. Lublin 1992.
Monografie redagowane: (wraz z B. Dziemidokiem) Homo agens. Studia nad aktywnością i podmiotowością człowieka. Lublin 1981; (wraz z S. Soldenhoffem) Człowiek i wartości moralne. Studia z dziejów polskiej niezależnej myśli moralnej. Lublin 1989; Czas, wartości i historia. Studia nad aksjologią czasu historycznego. Lublin 1990; (wraz z S. Symotiukiem) Historyczna dynamika wartości. Studia nad aksjologicznymi interpretacjami dziejów. Lublin 1990; (wraz z K. Balem, J. Gajdą) Wartości i wartościowania w historii filozofii. Materiały z Ogólnopolskiej Konferencji Naukowej. Karpacz 1988. Wrocław 1992; W kręgu pesymizmu historycznego. Studia nad nowożytnymi filozofiami historii. Lublin 1992; Studia nad ideą wolności. Lublin 1995; Studia nad ideą podmiotowości człowieka. Lublin 1999; Dylematy racjonalności. Między rozumem teoretycznym a praktycznym. Lublin 2001.
Pełna informacja na temat publikacji zob. H. Jakuszko, Zdzisław Jerzy Czarnecki, w: Polska filozofia powojenna III, red. W. Mackiewicz, Agencja Wydawnicza Witmark, Warszawa 2005, s. 19-40.
Dorobek naukowy Zdzisława Jerzego Czarneckiego obejmuje zagadnienia filozofii religii, filozofii dziejów, aksjologii historii oraz historii idei od czasów antycznych do w. XX. Profesor zwracał uwagę nie tylko na określone tradycje teoretyczne, ale także na zmieniające się struktury życia społecznego, warunkujące zmiany w rozumieniu ludzkiego świata historycznego. Uważał, że człowiek jest jedynym twórcą i podmiotem rzeczywistości społeczno-historycznej, zdolnym do podporządkowania tworzonego przez siebie świata swoim potrzebom. Własne stanowisko antropologiczne wpisywał w nurt tradycji humanistycznej zainicjowanej przez formułę Protagorasa: homo mensura i zarazem homo creator. Kontynuację tej linii śledził w Renesansie, Oświeceniu, lewicy młodoheglowskiej, marksizmie i pragmatyzmie.
Prof. Zdzisław J. Czarnecki był promotorem kilkunastu doktorów, z których większość uzyskała stopień doktora habilitowanego. Pod jego opieką naukową swoje prace doktorskie przygotowali min.: Andrzej Niemczuk (kierował pracami Zakładu Filozofii Współczesnej), Honorata Jakuszko (Kierownik Zakładu Historii Filozofii Nowożytnej – później Zakładu Historii Filozofii Nowożytnej i Współczesnej, Katedry Historii Filozofii i Filozofii Porównawczej; Dyrektor Instytutu Filozofii), Jolanta Zdybel (Kierownik Zakładu Historii Myśli Społecznej), Andrzej Ostrowski (Prodziekan WFiS, Dziekan WFiS), Leszek Kopciuch (Dziekan WFiS, Kierownik Katedry Historii Filozofii i Filozofii Porównawczej, redaktor naczelny czasopisma „Kultura i Wartości”), Tomasz Stefaniuk, Paweł Sikora.
