Zbiory kartograficzne to atlasy, mapy ogólnogeograficzne, tematyczne, widoki oraz plany miast. Najstarsze zabytki pochodzą z XVII wieku. Biblioteka posiada kilka pozycji XVIII-wiecznych, wartościowy zespół stanowią wydawnictwa XIX-wieczne. 
Do ciekawych i unikalnych pozycji należą:
Gerardi Mercatoris Atlas sive cosmographicae mediationes de fabrica mundi et fabricati figura, Amsterodami 1628,
Atlas general méthodique et éthodique et élémentaire pour l'étude..., Paris 1770,
Atlas mapparum geographicorum generalium..., Nürnberg 1762,
Najzasobniejszy jest zbiór wydawnictw, które ukazały się po roku 1950.
Zbiory kartograficzne dostępne są w Oddziale Zbiorów Specjalnych (II p. nowego gmachu Biblioteki Głównej)
Część zbiorów kartograficznych dostępnych jest w formie zdigitalizowanej w Bibliotece Cyfrowej UMCS
W ramach Biblioteki Cyfrowej UMCS wdrożony został testowy mechanizm, który umożliwia przeglądanie obiektów w formacie DjVu bez konieczności instalacji dodatkowych wtyczek.
Aby sprawdzić działanie nowego mechanizmu wyświetlania DjVu należy wybrać dowolny obiekt w formacie DjVu i ustawić mu opcje wyświetlania wybierając z listy „DJVU – HTML5″.
