Najstarszym zabytkiem wśród rękopisów Biblioteki są fragmenty Ewangelii wg św. Marka z IX wieku. Są to karty wyjęte z opraw ze zbioru ks. Ludwika Zalewskiego. Zasługuje też na uwagę pergaminowy kodeks francuski z 1413 roku, Du régime des princes. Jest to skrócone tłumaczenie na język francuski łacińskiego dzieła Aegidiusa Romanusa żyjącego we Francji w VIII wieku. Pozostałe dwa rękopisy średniowieczne to Statuty i komentarze do reguły kanoników regularnych oraz kalendarz z nekrologiem klasztoru kanoników regularnych w Kraśniku i Lectura Nicolai de Lyra supra epistolas sancti Pauli.
Wgląd do zbiorów rękopisów możliwy jest w czytelni Oddziału Zbiorów Specjalnych (II p. nowego gmachu Biblioteki Głównej). Inwentarz dostępny w wersji elektronicznej http://dlibra.umcs.lublin.pl/publication/28832
Część rękopisów dostępnych jest w formie zdigitalizowanej w Bibliotece Cyfrowej UMCS
W ramach Biblioteki Cyfrowej UMCS wdrożony został testowy mechanizm, który umożliwia przeglądanie obiektów w formacie DjVu bez konieczności instalacji dodatkowych wtyczek.
Aby sprawdzić działanie nowego mechanizmu wyświetlania DjVu należy wybrać dowolny obiekt w formacie DjVu i ustawić mu opcje wyświetlania wybierając z listy „DJVU – HTML5″.
