Powołanie uniwersyteckiego Muzeum poprzedziły liczne dyskusje nad kształtem i zadaniami, które powinno spełniać. 4 czerwca 1976 r. na posiedzeniu Kolegium Rektorskiego powołany został Zespół ds. opracowania koncepcji organizacji i funkcji Muzeum. W jego skład weszli: prof. dr Tadeusz Mencel, doc. dr Kazimierz Sand i doc. dr hab. Józef Szymański. 6 stycznia 1979 r. odbyło się pierwsze posiedzenia Komisji ds. Muzeum i Archiwum UMCS. Komisji przewodniczył doc. dr hab. Józef Szymański, kierownik Zakładu Nauk Pomocniczych Historii (Wydział Humanistyczny).
Oficjalne otwarcie placówki muzealnej odbyło się 3 października 1980 r., a z formalnego punktu widzenia nastąpiło to 1 grudnia 1980 r. Zarządzeniem Rektora UMCS powołany został wówczas Zakład Nauk Pomocniczych Historii i Bibliotekoznawstwa z Pracownią „Muzeum UMCS”.
W kolejnych latach w uniwersyteckim Muzeum gromadzono obiekty dokumentujące dzieje UMCS. Rok 1999 przyniósł zmiany w usytuowaniu organizacyjnym Muzeum w strukturze Uniwersytetu. Zarządzeniem Rektora UMCS z września 1999 r. Pracownia „Muzeum UMCS” została wyłączona z Zakładu Nauk Pomocniczych Historii i Bibliotekoznawstwa. Powstała wówczas nowa jednostka organizacyjna „Archiwum i Muzeum UMCS”. W takim usytuowaniu Muzeum funkcjonuje od 1 października 1999 r. Zmiany organizacyjne nie miały żadnego wpływu na funkcje realizowane przez Muzeum UMCS, którego merytoryczną działalność regulują przepisy Ustawy o muzeach z dnia 29 czerwca 2007 r. (Dz.U. z dnia 13 lipca 2007 r.).
Muzeum uniwersyteckie posiada profil historyczny i poprzez realizację funkcji kumulacyjnej, poznawczej, dokumentacyjnej i dydaktyczno-wychowawczej przedstawia w miarę wierny obraz życia Uniwersytetu w wielu płaszczyznach, prezentując przeszłość i teraźniejszość uczelni. Muzeum gromadzi dokumentację ikonograficzną Uniwersytetu oraz obiekty materialne tworzone w Uniwersytecie, wykorzystywane w bieżącej działalności. Ważną grupę gromadzonych obiektów stanowią dzieła sztuki współczesnej, głównie rysunki, grafiki i ekslibrisy. W Muzeum gromadzi się też wycinki prasowe z prasy lokalnej i krajowej, które dotykają różnych aspektów życia Uniwersytetu. Stanowią one podstawę tworzenia bibliografii UMCS. Zbiory Muzeum są udostępniane do celów naukowych i wydawniczych na ogólnie stosowanych zasadach wynikających z przepisów o muzeach i ochronie zabytków i opiece nad zabytkami.
