Katedra dysponuje bogatą bazą aparaturową. Lista ważniejszych urządzeń obejmuje:
- LC-MS/MS QExactive (Thermo Scientific) - wysokosprawny chromatograf cieczowy sprzężony z hybrydowym spektrometrem mas (kwadrupol-orbitrap),
- LC-MS LCQ (Finnigan) - wysokosprawny chromatograf cieczowy sprzężony ze spektrometrem mas,
- GC-MS/MS TQ 8040 (Shimadzu) - chromatograf gazowy sprzężony z tandemowym spektrometrem mas,
- GCQ (Finnigan Mat) - chromatograf gazowy sprzężony ze spektrometrem mas z liniową pułapką jonową,
- GC-MS (Shimadzu) - chromatograf gazowy sprzężony ze spektrometrem mas,
- Nexera-i (Shimadzu) - wysokosprawny chromatograf cieczowy wyposażony w detektor flourescencyjny i PDA,
- DX-100 (Dionex) - wysokosprawny chromatograf jonowy (dwa aparaty),
- Polaris 211 (Varian) - wysokosprawny chromatograf cieczowy (dwa aparaty),
- ASE 200 (Dionex) - aparat do przyspieszonej ekstrakcji rozpuszczalnikami,
- GC TRACE 1300 - chromatograf gazowy z detektorem ECD,
- GC-2010AF (Shimadzu) - chromatograf gazowy z automatycznym podajnikiem próbek,
- Linomat5 (CAMAG) - aplikator próbek na płytki do chromatografii cienkowarstwowej,
- UV-1800 (Shimadzu) - spektrofotometr UV-Vis,
- Helios Gamma (ThermoSpectronic) - spektrofotometr UV-Vis,
- Derivatograph C (MOM Budapeszt) - derywatograf (dwa aparaty)
- Nano 2000 (Plazmatronika) - reaktor mikrofalowy,
- PYRIS Diamond (PerkinElmer) - różnicowy kalorymetr skaningowy,
- 716DMS (Metrohm) - zestaw do miareczkowania.
Na wyposażeniu zakładu znajdują się także:
- gradientowe wysokosprawne chromatografy cieczowe firmy Gilson wyposażone w detektory PDA, UV-Vis, RI (cztery układy),
- chromatografy gazowe (dwa aparaty: Finnigan, Carlo Erba),
- 3 D (Hewlett-Packard) - elektroforezer kapilarny.
